Representa a San Juan Bautista niño, arrodillado, ocupando el centro de la composición. Vestido con pieles, porta un báculo rematado por una cruz. Dirige su mirada a las alturas, hacia Dios Padre, quien se le aparece en la parte superior izquierda del cuadro. Les respalda un paisaje de montes arbolados. En esta obra de Uceda, a pesar de su mal estado de conservación, se percibe el estilo de este maestro, que evolucionó desde el tardomanierismo hacia el naturalismo barroco; en las pinturas de este retablo muestra Uceda una pincelada suelta y una expresividad, especialmente en las figuras infantiles, que recuerda la influencia que en él ejerció el arte de Juan de Roelas. Las composiciones parecen derivar de grabados manieristas.
