San Juan Bautista aparece en el interior de una prisión, arrodillado, con los pies encadenados por grilletes y las manos atadas a la espalda. Se representa el momento en el que su verdugo, a la derecha de la composición, se dispone a decapitarlo con una espada. Tras ellos, a la izquierda, Salomé espera con la bandeja en la que depositará la cabeza del santo. Se trata de una composición muy equilibrada, de tipo triangular. Contrasta la fiera expresión del verdugo con la mansedumbre del rostro del Bautista, quien mira al cielo aceptando su martirio. Destaca especialmente en esta obra el rico estofado de los ropajes. En cuanto a sus composiciones e iconografías, los relieves de este retablo tienen como antecedentes los que tallara Montañés para el retablo de San Juan Bautista que se conserva en la Catedral de Lima, Perú (1607). Concretamente, en el retablo limeño, el relieve de igual temática carece de la figura de Salomé.
